W niektórych przypadkach konieczne jest przeprowadzenie zabiegów na przewodzie pokarmowym. Najczęściej zabiegi takie przeprowadzane są w ostrych przypadkach – np. w przypadku skrętu żołądka czy połknięcia ciała obcego, jednak zdarzają się także zabiegi planowane – np. w przypadku nowotworów.

Jednym z takich zabiegów jest gastrotomia, czyli chirurgiczne nacięcie ściany żołądka. Najczęściej taki zabieg przeprowadza się po połknięciu ciała obcego przez zwierzę, a także przy przeładowaniu żołądka. Umożliwia on usunięcie wspomnianego ciała obcego lub zalegającej treści bezpośrednio z żołądka. Po przeprowadzeniu takiego zabiegu konieczna jest kilkudniowa hospitalizacja i płynoterapia – pacjent przez 72 h nie może spożywać pokarmu, konieczne zatem jest dożylne podawanie niezbędnych składników pokarmowych.

Enterotomia to chirurgiczne nacięcie jelit. W tym przypadku wskazaniami do zabiegu są głównie połknięcia ciała obcego prowadzące do wstrzymania perystaltyki jelit. Zabieg ten umożliwia usunięcie ciała obcego bezpośrednio ze światła jelita. U kotów często takim ciałem obcym stają się trichobezoary, czyli kule futra tworzące się w przewodzie pokarmowym. Także u tych zwierząt częste jest połknięcie „strunistych” ciał obcych – różnego rodzaju sznurków, nici itp. W takim wypadku konieczna jest jak najszybsza interwencja, ponieważ wskutek ruchów perystaltycznych może dojść do nanizania jelit na takie ciało obce – wtedy może okazać się konieczne nacięcie jelit w kilku miejscach. Po takim zabiegu konieczna jest kilkudniowa hospitalizacja i płynoterapia zwierzęcia.

Kolejnym zabiegiem jest gastropleksja. To chirurgiczne przytwierdzenie żołądka do ściany jamy brzusznej. Wskazaniem do takiego zabiegu jest występowanie skrętu żołądka. Taki sta

n występuje w następstwie rozszerzenia żołądka, którego objawami są m.in. ślinotok, powiększenie obrysu jamy brzusznej czy konwulsje. Możliwy jest także skręt żołądka u zwierząt cierpiących na nowotwory żołądka, dlatego  Psy, zwłaszcza dużych ras, ze względu na budowę anatomiczną – „przytwierdzenie” żołądka przez długie więzadło – narażone są na jego skręt w wyniku naciągnięcia tego więzadła przy rozszerzeniu żołądka. Przeprowadzenie gastropleksji zapobiega ponownemu skrętowi żołądka – zapewnia dodatkowy punkt jego przyczepu.

W wyniku niektórych schorzeń może dochodzić do martwicy fragmentów jelit. Jeśli taka zmiana nie obejmuje znacznej ich części możliwe jest przeprowadzenie enterektomii – chirurgicznego usunięcia fragmentu jelita. Zabieg taki przeprowadza się także w przypadku operowalnych zmian nowotworowych jelit. Po usunięciu zmienionego fragmentu jelita zszywa się pozostałe dwa końce zdrowych jelit w celu zapewnienia ciągłości przewodu pokarmowego. Przy zmianach dużej powierzchni jelit przeprowadzenie takiego zabiegu nie  jest możliwe, ponieważ nie można zapewnić odpowiedniej dla prawidłowego funkcjonowania organizmu powierzchni funkcjonalnej jelit.

Kolejnym zabiegiem wykonywanym na jelitach jest enteroplikacja. Polega ona na zszyciu ścian pętli jelit. Zabieg ten wykonuje się w przypadku wystąpienia wgłobienia jelita, czyli teleskopowego wsunięcia się części jelita w inną jego część. Do objawów takiego stanu należą bolesność brzucha, wymioty oraz krwawy stolec. Enteroplikację wykonuje się po odprowadzeniu jelita, aby zapobiec ponownemu wystąpieniu wgłobienia.